首先，人的脑思维主要是图结构，不是树结构，如果在软件中模拟你的树状脑思维的话成本还可以接受，但模拟一个图的话，仅仅是维护成本就可以让你得不偿失。

其次，大脑的左右分工不同，善于感性化记忆的右脑配合善于理性化记忆的左脑一起使用能起到事半功倍的效用。如果一个人习惯于依赖脑图软件管理自己的思维，他的右脑记忆效果会大打折扣，因为在脑图软件中，每行每列几乎没有什么上下文特征（色彩、形状之类），除非你又愿意为每行每列去维护它的形态特征？那就更得不偿失了。

所以我还是倾向于使用比较干净的文本记录方式，不要太过在意树结构目录的维护，多用搜索与标签。总之，只能让它辅助你的记忆，不能允许它代替你的记忆。